Upravni odbor upravlja Fondom u skladu s odredbama Zakona o Fondu, statuta Fonda i drugih općih akata Fonda te drugih zakona i propisa.
Statutom Fonda se utvrđuju djelokrug, ovlaštenja i odgovornosti te način rada Upravnog odbora.
Upravni odbor ima predsjednika i šest članova koje imenuje i razrješuje Vlada Republike Hrvatske.
Vlada Republike Hrvatske u Upravni odbor imenuje:
- dva predstavnika ministarstva nadležnog za poslove zaštite okoliša,
- jednog predstavnika ministarstva nadležnog za poslove energetike,
- jednog predstavnika ministarstva nadležnog za poslove financija,
- jednog predstavnika Hrvatske gospodarske komore,
- jednog predstavnika Hrvatskog sabora
- jednog predstavnika iz redova stručnjaka iz područja zaštite okoliša.
Na sjednici Vlade Republike Hrvatske imenovani su sljedeći članovi Upravnog odbora:
- ANJA BAGARIĆ, predsjednica Upravnog odbora Fonda za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost (predstavnica ministarstva nadležnog za poslove zaštite okoliša)
- ANAMARIJA ŠOPRON BOGNAR, članica (predstavnik/ca ministarstva nadležnog za poslove zaštite okoliša),
- dr. sc. VJEKOSLAV JUKIĆ, član (predstavnik/ca ministarstva nadležnog za poslove energetike),
- INES ŠPIRIĆ, članica (predstavnica ministarstva nadležnog za poslove financija),
- DANIJELA BLAŽANOVIĆ, član (predstavnik Hrvatskog sabora),
- dr. sc. LUKA BURILOVIĆ, član (predstavnik Hrvatske gospodarske komore) te
- dr. sc. NENAD JASPRICA, član (predstavnik iz redova stručnjaka iz područja zaštite okoliša).